Les partenaires institutionels ont une grande importance dans notre vie d’union nationale. Ainsi, l’UNEPREF est membre de plusieurs organismes qui lui permettent de nombreux contacts à l’intérieur de l’Église comme à l’extérieur. Les Églises réformées évangéliques font donc partie du CNEF (conseil national des évangéliques de France) et de la FPF (fédération protestante de France). De plus, nous avons de nombreux contacts missionaires au travers de la Cevaa. De part les missionaires dans notre union, nous sommes en contact réguliers avec la MTW (un organisme missionnaire des Églises presbytériennes des États-Unis, la PCA), l’APMT (un organisme missionnaire des Églises presbytériennes du Brésil) et la Gzb (un organisme missionnaire des Pays-Bas). Les liens avec les organismes de formation, comme la Faculté Jean Calvin, sont également très fort puisque l’UNEPREF a contribué à la création de cet institut.